A área de Ensino do IAM atua de forma contínua na ampliação de sua capacidade de atendimento a novas demandas e desafios, orientando suas ações para a formação em Saúde Pública e nas Ciências Biológicas aplicadas à saúde, com foco na qualificação de profissionais e pesquisadores comprometidos com a produção do conhecimento, a inovação científica e o fortalecimento do Sistema Único de Saúde (SUS). Para apoio aos seus programas de pós-graduação e demais modalidades de ensino, a instituição possui em sua estrutura uma Vice-Direção de Ensino, à qual estão ligadas as coordenações dos programas de Saúde Pública acadêmico e profissional; Biociências e Biotecnologia em Saúde; Residência Multiprofissional em Saúde Coletiva, bem como dos Programas de Pós-Graduação desenvolvidos em Rede Fiocruz. Complementam a estrutura educacional o Ensino à Distância (EaD), Secretaria Acadêmica, Biblioteca e apoio técnico às aulas e eventos. Buscando viabilizar o intercâmbio de conhecimento, os programas de pós-graduação da instituição mantêm uma grande rede de cooperação com instituições internacionais de excelência em pesquisa. Isso resulta tanto em oportunidades para estágio no exterior para os discentes, como também no acolhimento de docentes e discentes estrangeiros para atuação no IAM.
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Nota: Dados coletados a partir de levantamento realizado pela Secretaria Acadêmica do Instituto Aggeu Magalhães em abril de 2025.