Fundado em 1987 o departamento de Entomologia foi criado para desenvolver atividades de pesquisa, formação de recursos humanos, serviço de referência e extensão em culicídeos de importância na saúde pública. A maior parte dos estudos realizados no departamento são voltados para os mosquitos dos gêneros Culex e Aedes, devido ao importante papel destes insetos como vetores de agentes etiológicos de doenças para o homem, na maioria dos municípios brasileiros.