O Departamento de Microbiologia desenvolve atividades em pesquisas básicas e aplicadas sobre bactérias, vírus e protozoários. Os pesquisadores do departamento mantêm colaborações com várias instituições nacionais e internacionais e orientam projetos ao nível de iniciação científica e pós-graduação do IAM, Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), Universidade de Pernambuco (UPE) e outras.
