Com atividades iniciadas em 2 de setembro de 1950 o departamento de Parasitologia desenvolve atividades na área de pesquisa básica relacionada ao estudo das principais endemias (leishmaniose, esquistossomose, filariose, tuberculose, hanseníase, arboviroses, hepatites virais, entre outras), através de estudos relacionados a pesquisa do diagnóstico, terapia e desenvolvimento de drogas, o departamento de Parasitologia do Instituto Aggeu Magalhães, participa ativamente da formação de alunos de pós-graduação e iniciação científica da Instituição.
