Aggeu de Godoy Magalhães Filho foi diretor do CPqAM de 1978 a 1986, pós-graduado em Patologia pela Universidade de Washington e em Imunologia pelo Instituto de Medicina Tropical da Universidade de Tulane, de Nova Orleans (EUA), Magalhães Filho, trouxe ao Centro de Pesquisa Aggeu Magalhães os estudos patológicos, atuando como pesquisador da instituição durante dez anos e se tornando diretor logo em seguida.
Como professor livre-docente em Patologia, atuou na Faculdade de Ciências Médicas de Pernambuco, na Universidade Federal da Paraíba (UFPB) e no Departamento de Anatomia Patológica da Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) onde foi professor titular por vários anos. Publicou vários trabalhos na Revista Brasileira de Medicina Tropical, conquistando o prêmio “Gerard Domack”, em 1968, através de uma pesquisa que obtinha o mecanismo imunológico do Schistosoma mansoni no tecido humano, entre outros. Além de inúmeras publicações em revistas internacionais.
O início de sua gestão no IAM/Fiocruz foi marcado pela reestruturação da instituição, que passava por dificuldades para conseguir pesquisadores. Ageu Filho propôs, então, uma parceria com os professores da UFPE que não dispunham na universidade de recursos para pesquisas. Estes se uniriam com os pesquisadores do Instituto Aggeu Magalhães e realizariam pesquisas e estudos de grande relevância para Saúde Pública, como era o objetivo da Fiocruz.
Magalhães Filho ainda conseguiu a verba da Finep (Financiadora de Estudos e Projetos) para a realização de um projeto sobre antígenos estratégicos para diagnósticos, naquela época só importados dos Estados Unidos. Houve no Instituto Aggeu Magalhães a produção desses antígenos numa escala que facilitou a aplicação para esquistossomose, filariose e peste. Em 1979, Ageu conseguiu a transferência dos pesquisadores Célio de Almeida e Alzira de Almeida, que trabalhavam em um laboratório pequeno de peste em Garanhuns, para o Instituto Aggeu Magalhães. Algum tempo depois, Alzira conseguiu sintetizar o antígeno para o diagnóstico da peste, que naquela época só os Estados Unidos e a Rússia haviam feito.
Junto à Prefeitura do Recife, Ageu Magalhães Filho iniciou um projeto de pesquisa para o Centro fazer um estudo das enterobactérias patógenas (nos bairros pobres da cidade) que infectava as crianças, produzindo problemas de disenteria. Foi na gestão de Ageu Magalhães Filho que o Instituto Aggeu Magalhães foi transferido para o campus da Universidade Federal de Pernambuco (UFPE). Quando ainda era professor da UFPE, Ageu foi convidado pelo governo Japonês para a Universidade de Tokyo onde iniciou, junto a este governo a negociação de um convênio que consistia em construir, desenvolver, ampliar e equipar o núcleo de imunopatologia da universidade, quando conheceu o Prof. Keiso Asami e se tornaram grandes amigos (1979). A instalação seria feita em um dos andares do Hospital das Clínicas. Porém, após inspeção dos japoneses no local, foi declarado que as instalações eram inadequadas para a implantação de determinados equipamentos, causando constrangimento e tristeza para os pesquisadores pernambucanos. Magalhães Filho assumiu as rédeas da situação e teve uma ideia que mudou a história do Instituto Aggeu Magalhães. Até então, estava longe de todo esse trâmite.
A partir de um acordo com a UFPE, uma área de dois hectares do campus, próximo à área de Saúde, foi cedida para o CPqAM e a Fiocruz assumiu a construção do edifício no terreno cedido em regime de comodato. Em contrapartida, a Fiocruz cedeu à universidade o espaço necessário para instalar, dentro do Instituto Aggeu Magalhães, o Laboratório de Imunopatologia Keizo Asami (Lika) fruto do convênio com o Japão, articulado por Magalhães Filho. Assim, em 1986, o Instituto Aggeu Magalhães foi transferido da Rua do Espinheiro para o campus da UFPE.
Ageu Magalhães Filho ainda obteve o financiamento para vários projetos da Fiocruz, restaurou a estação de campo para estudo da esquistossomose situada em São Lourenço da Mata, iniciou a coordenação dos trabalhos de controle da peste em Exu, no Sertão do estado, e desenvolveu parcerias com a UFPE na área de Saúde Pública, principalmente ligadas ao ensino. Na sua gestão, foi inserido o curso de especialização em saúde pública ministrado atualmente nas dependências do Instituto Aggeu Magalhães.
